Poszczególne grupy brodawek wirusowych cechuje różnorodność w obrazie histopatologicznym.
Obraz histopatologiczny brodawek zwykłych
Brodawki zwykłe oglądane pod mikroskopem cechują się rozrostem naskórka otaczającego skórną podstawę wykwitu. Oprócz zgubienia naskórka obserwuje się wydłużenie jego sopli oraz wydłużenie brodawek skóry właściwej. Podczas badania klinicznego i histopatologicznego można zauważyć krew w warstwie rogowej, jest to skutek poszerzenia naczyń w brodawkach skóry. W komórkach zewnętrznych warstw naskórka obserwuje się ponadto cechy zwyrodnienia wodniczkowego oraz obecność zasadochłonnych wtrętów, określanych mianem koilocytów. W warstwie rogowej występuje parakeratoza oraz krople krwi. W nowo-powstałych brodawkach pod mikroskopem elektronowym można zobaczyć cząstki wirusa HPV.
Obraz histopatologiczny brodawek podeszwowych
Obserwowane pod mikroskopem brodawki podeszwowe cechuje duża ilość wtrętów wirusowych, same zmiany dotyczą głównie warstwy ziarnistej, w obrazie histopatologicznym brak zmian w warstwie brodawkowatej skóry właściwej typowych dla brodawek zwykłych.
Obraz histopatologiczny brodawek płaskich
Badanie histopatologiczne brodawki płaskiej wskazuje następujące cechy charakterystyczne dla tego rodzaju wykwitów: dyskretne zmiany w postaci płaskich grudek z obecnością zwyrodnienia wodniczkowego w obrębie warstwy ziarnistej skóry. Ponadto brodawki płaskie w obrazie mikroskopowym cechuje nieznaczna akantoza bez wydłużenia brodawek skóry właściwej oraz minimalny stan zapalny w skórze właściwej.
Obraz histopatologiczny brodawek płciowych
Zmiany na poziomie komórek i tkanek w przypadku brodawek płciowych to obecność pokładów zmienionych keratynocytów w warstwie kolczystej i ziarnistej nabłonka z powstaniem strefy przejaśnienia cytoplazmy wokół jądra, co przypomina wygląd muszli ostrygi.